Atık su, yanlış yönetildiğinde, yetersiz arıtıldığında ve/veya uygun şekilde bertaraf edilmediğinde kirliliğe önemli ölçüde katkıda bulunabilir ve çevredeki doğal sistemleri ve toplulukları kirletebilir. Atık suyun operasyonel, çevresel ve finansal etkileri, tesis operasyonları için temel konulardır. Tesis operasyonlarından çevreye kirletici deşarjını azaltmak ve su verimliliğini artırmak, tüm fabrikaların odaklanması gereken önemli bir konudur.